哲学史料既经审定，还须整理。无论古今哲学史料，都有须整理之处。但古代哲学书籍，更不能不加整理的工夫。今说整理史料的方法，约有三端：

(一)校勘 古书经了多少次传写，遭了多少兵火虫鱼之劫，往往有脱误、损坏种种缺点。校勘之学，便是补救这些缺点的方法。这种学问，从古以来，多有人研究，但总不如清朝王念孙、王引之、卢文弨、孙星衍、顾广圻、俞樾、孙诒让诸人的完密谨严，合科学的方法。孙诒让论诸家校书的方法道：

(二)训诂 古书年代久远，书中的字义，古今不同。宋儒解书，往往妄用己意，故常失古义。清代的训诂学，所以超过前代，正因为戴震以下的汉学家，注释古书，都有法度，都用客观的佐证，不用主观的猜测。三百年来，周秦两汉的古书所以可读，不单靠校勘的精细，还靠训诂的谨严。今述训诂学的大要，约有三端：(一)根据古义或用古代的字典(如《尔雅》、《说文》、《广雅》之类)，或用古代笺注(如《诗》的毛、郑，如《淮南子》的许、高)作根据，或用古书中相同的字句作印证。今引王念孙《读书杂记余编》上一条为例：

这一则中引古字典一条，古书类似之例五条，古注四条。这都是根据古义的注书法。(二)根据文字假借、声类通转的道理。古字通用，全由声音。但古今声韵有异，若不懂音韵变迁的道理，便不能领会古字的意义。自顾炎武、江永、钱大昕、孔广森诸人以来，音韵学大兴。应用于训诂学，收效更大。今举二例。《易·系辞传》“旁行而不流。”又《乾·文言》“旁通情也。”旧注多解旁为边旁。王引之说：“旁之言溥也，遍也。《说文》‘旁，溥也’。旁、溥、遍一声之转。《周官》男巫曰：‘旁招以茅’，谓遍招于四方也。《月令》曰：‘命有司大难、旁磔’，亦谓遍磔于四方也。……《楚语》曰：武丁使以梦象‘旁求四方之贤’，谓遍求四方之贤也。”又《书·尧典》“汤汤洪水方割”；《微子》“小民方兴，相为敌仇”；《立政》“方行天下，至于海表”；《吕刑》“方告无辜于上”。旧说方字都作四方解。王念孙说：“方皆读为旁。旁之言溥也，遍也。 《说文》曰：‘旁，溥也。’旁与方古字通（《尧典》“共工方鸠僝功”，《史记》引作旁。《皋陶谟》，“方施象刑惟明”，新序引作旁)。《商颂》‘方命厥后’，郑笺曰：‘谓遍告诸侯。’是方为遍也。……‘方告无辜于上’，《论衡·变动篇》引此，方作旁，旁亦遍也。”以上两例说方旁两字皆作溥、遍解。今音读方为轻唇音，旁为重唇音。不知古无轻唇音，故两字同音，相通。与溥字、遍字，皆为同纽之字。这是音韵学帮助训诂学的例。(三)根据文法的研究。古人讲书最不讲究文法上的构造，往往把助字、介字、连字、状字等都解作名字、代字等等的实字。清朝训诂学家最讲究文法的，是王念孙王引之父子两人。他们的《经传释词》用归纳的方法，比较同类的例句，寻出各字的文法上的作用，可算得《马氏文通》之前的一部文法学要书。这种研究法，在训诂学上别开一新天地。今举一条例如下：

以上所述三种根据，乃是训诂学的根本方法。

(三)贯通 上文说整理哲学史料之法，已说两种。校勘是书的本子上的整理，训诂是书的字义上的整理。没有校勘，我们定读误书；没有训诂，我们便不能懂得书的真意义。这两层虽极重要，但是作哲学史还须有第三层整理的方法。这第三层，可叫做“贯通”。贯通便是把每一部书的内容要旨融会贯串，寻出一个脉络条理，演成一家有头绪有条理的学说。宋儒注重贯通，汉学家注重校勘训诂。但是宋儒不明校勘训诂之学（朱子稍知之，而不甚精)，故流于空疏，流于臆说。清代的汉学家，最精校勘训诂，但多不肯做贯通的工夫，故流于支离碎琐。校勘训诂的工夫，到了孙诒让的《墨子闲诂》，可谓最完备了(此书尚多缺点，此所云最完备，乃比较之辞耳)。但终不能贯通全书，述墨学的大旨。到章太炎方才于校勘训诂的诸子学之外，别出一种有条理系统的诸子学。太炎的《原道》、《原名》、《明见》、《原墨》、《订孔》、《原法》、《齐物论释》都属于贯通的一类。《原名》、《明见》、《齐物论释》三篇，更为空前的著作。今细看这三篇，所以能如此精到，正因太炎精于佛学，先有佛家的因明学、心理学、纯粹哲学，作为比较印证的材料，故能融会贯通，于墨翟、庄周、惠施、荀卿的学说里面，寻出一个条理系统。于此可见整理哲学史料的第三步，必须于校勘训诂之外，还要有比较参考的哲学资料。为什么呢？因为古代哲学去今太远，久成了绝学。当时发生那些学说的特别时势，特别原因，现在都没有了。当时讨论最激烈的问题现在都不成问题了。当时通行的学术名词，现在也都失了原意了。但是别国的哲学史上，有时也会发生那些问题，也曾用过那些名词，也曾产出大同小异或小同大异的学说。我们有了这种比较参考的材料，往往能互相印证，互相发明。今举一个极显明的例。《墨子》的《经上、下》、《经说上、下》、《大取》、《小取》六篇，从鲁胜以后，几乎无人研究。到了近几十年之中，有些人懂得几何算学了，方才知道那几篇里有几何算学的道理。后来有些人懂得光学力学了，方才知道那几篇里又有光学力学的道理。后来有些人懂得印度的名学心理学了，方才知道这几篇里又有不少知识论的道理。到了今日，这几篇二千年没人过问的书，竟成中国古代的第一部奇书了！我做这部哲学史的最大奢望，在于把各家的哲学融会贯通，要使他们各成有头绪条理的学说。我所用的比较参证的材料，便是西洋的哲学。但是我虽用西洋哲学作参考资料，并不以为中国古代也有某种学说，便可以自夸自喜。做历史的人，千万不可存一毫主观的成见。须知东西的学术思想的互相印证，互相发明，至多不过可以见得人类的官能心理大概相同，故遇着大同小异的境地时势，便会产出大同小异的思想学派。东家所有，西家所无，只因为时势境地不同。西家未必不如东家，东家也不配夸炫于西家。何况东西所同有，谁也不配夸张自豪。故本书的主张，但以为我们若想贯通整理中国哲学史的史料，不可不借用别系的哲学，作一种解释演述的工具。此外别无他种穿凿附会、发扬国光、自己夸耀的心。